La Iglesia Presbiteriana llegó a Chile a mediados del siglo XIX.
Se extendió rápidamente, pero el liberalismo teológico o modernismo hizo que decreciera.
Por eso surgió en 1942 un grupo que procuró avivar la Iglesia y volverla a la fidelidad estricta a la palabra de Dios. Se llamó: Grupo de Acción Evangélica (G.A.E).
Rechazado por el presbiterio de Chile, se constituyó en la Iglesia Presbiteriana Nacional (IPN), en 1944. Esta Iglesia fue fundada para defender activamente la fe, conforme al mandato del Señor en Judas 3.
Junto con grupos similares de todo el mundo, formó en 1948 el Concilio Internacional de Iglesias Cristianas (CIIC), para oponerse y combatir al Consejo Mundial de Iglesias (CMI) y su ecumenismo apóstata.
Muy pronto llegaron misioneros que no simpatizaban con el CIIC, lo que condujo que en 1960 la IPN se separara del CIIC. Los fundadores del GAE y de la IPN declararon que no podían acatar tal acuerdo, ya que desconocía la razón misma de ser de la IPN.
En Santiago empezó a reunirse un grupo en el hogar del reverendo Baudilio Saavedra, fundador del GAE y de la IPN, en la avenida La Paz. Luego se trasladaron a Macul. Después el grupo fue acogido en la primera Iglesia Metodista Independiente, donde celebraba sus cultos en la tarde. El reverendo Irwin Steele pastoreaba este grupo.
Debido al terremoto de 1960 el CIIC envió gran cantidad de ayuda, la que fue almacenada y distribuida desde una bodega en calle San Pablo. Allí continuó reuniéndose el grupo fundamentalista.
Fue entonces cuando se arrendó una casa en la esquina sur oriente de Cruchaga Montt con Compañía, en la comuna de Quinta Normal. Allí fue organizado el grupo como Iglesia Smirna, nombre adoptado por causa de los sufrimientos que rodearon su gestación, el 25 de junio de 1961, con 23 miembros.
Su primer pastor fue el reverendo Irwin Steele y su primer anciano gobernante el ahora reverendo Nadir Carreño.
De los miembros fundadores permanecen aún, en junio de 2018, los hermanos Nelson Arriagada, Doris Cerda y Nadir Carreño.
En 1964 asumió como presidente del consistorio el reverendo Olivero Maufras.
Desde el comienzo la Iglesia Smirna ha tenido una visión misionera. Empezó atendiendo al entonces grupo (hoy iglesia) de Rancagua, y ha continuado en ese camino dando origen a 7 Iglesias. Actualmente hay 5 grupos que integran la Iglesia, algunos cercanos a organizarse como Iglesias.
En 1966 se compra la parte central de la actual propiedad, en Catedral 4474. Posteriormente se adquiere la propiedad ubicada al oriente y luego la ubicada al poniente del terreno original, por lo cual actualmente ocupa una propiedad de 32 x 84 mts. En ese terreno se habilitaron primero dos piezas antiguas, para servir de templo.
En 1967 se construyó un templo de madera de 5×12 mts., que posteriormente se amplió a 15 mts de largo.
En 1967 asume como presidente del consistorio el licenciado Nadir Carreño, asumiendo posteriormente como pastor, en 1971, tras su ordenación.
En 1972 se inicia la construcción del primer edificio sólido de tres pisos, hacia calle catedral, destinado a servir de clases para la escuela dominical y de sala social.
En 1983 se inicia la construcción del templo actual, celebrándose el primer culto solemne en abril de 1984.
En este templo se ha realizado un congreso de la Alianza Latinoamericana de Iglesias Cristianas (ALADIC) y varios congresos de la Confederación de Iglesias Evangélica Fundamentalistas (CIEF) y de nuestras denominación presbiteriana.
Anualmente se realiza aquí el Instituto de Pedagogía Cristiana (IPEC) para formar profesores de la Escuela Dominical y un Curso de Música.